蛋白质的合成

蛋白质合成方向为 N 端 → C 端[氨基(-NH3)酸(-COOH))]

蛋白质合成体系

mRNA:蛋白质合成的模板

  • 由 DNA 转录而来的 mRNA 在细胞质内作为蛋白质合成的模板,mRNA 编码区(可读框)中的核苷酸序列作为遗传密码,在蛋白质合成过程中被翻译为蛋白质的氨基酸序列
  • mRNA 分子中核苷酸序列的翻译以 3 个相邻核苷酸为单位进行。在 mRNA 的可读框区域,每 3 个相邻的核苷酸为一组,编码一种氨基酸或肽链合成的起始/终止信息,称为密码子,又称三联体密码
  • 构成 mRNA 的 4 种核苷酸经排列组合可产生 64 个密码子,其中的 61 个编码 20 种在蛋白质合成中作为原料的氨基酸,另有 3 个(UAA、UAG、UGA)不编码任何氨基酸,而是作为肽链合成的终止密码子
  • AUG具有特殊性,不仅代表甲硫氨酸,如果位于 mRNA 的翻译起始部位,它还代表肽链合成的起始密码子(色氨酸也只有一个密码子 UGG,在终止密码子的右下角)
遗传密码的特点
  1. 方向性
    • 翻译时的阅读方向只能从 5’至 3’,即从 mRNA 的起始密码子 AUG 开始,按 5’→3’的方向逐一阅读,直至终止密码子
  2. 连续性
    • mRNA 中密码子之间没有间隔核苷酸,即从起始密码子开始,密码子被连续阅读,直至终止密码子出现
    • 若可读框中插入或缺失了非 3 的倍数的核苷酸,将会引起 mRNA 可读框发生移动,称为移码
    • 移码导致后续氨基酸编码序列改变,使得其编码的蛋白质彻底丧失或改变原有功能,称为移码突变
    • 若连续插入或缺失 3 个核苷酸,则只会在多肽链产物中增加或缺失 1 个氨基酸残基,但不会导致可读框移位
  3. 简并性
    • 64 个密码子中有 61 个编码氨基酸,而氨基酸只有 20 种,因此有的氨基酸可由多个密码子编码,这种现象称为简并性
    • 为同一种氨基酸编码的各密码子称为简并性密码子,也称同义密码子
    • 同义密码子的前两位碱基相同,仅第三位碱基有差异,即密码子的特异性主要由前两位核苷酸决定,意味着密码子第三位核苷酸的改变往往不改变其编码的氨基酸,合成的蛋白质具有相同的一级结构
    • 遗传密码的简并性可减少基因突变所带来的生物学效应
  4. 摆动性
    • tRNA 的反密码子的第 1 位碱基与 mRNA 密码子的第 3 位碱基配对,有时并不严格遵循 Watson-Crick 碱基配对原则,出现摆动
    • I 不和 G 配 我(I)和她(Girl)不配:反密码子第 1 位碱基为次黄嘌呤(I),可与密码子第 3 位的 A、C、U 配对
    • U 和 G 配 你(U)和她(Girl)配
      • 反密码子第 1 位的 U,可与密码子第 3 位的 A、G 配对
      • 反密码子第 1 位的 G,可与密码子第 3 位的 C、U 配对
  5. 通用性
    • 即从低等生物如细菌到人类都使用着同一套遗传密码

tRNA:氨基酸和密码子之间的特异连接物

$$\ce{氨基酸 + \rm{tRNA} + ATP ->[氨酰-tRNA 合成酶][Mg2+] 氨酰-\rm{tRNA} + AMP + PPi} \\,.$$
  • 功能:
    • 作为蛋白质合成原料的 20 种氨基酸,翻译时由其各自特定的 tRNA 负责转运至核糖体
    • 一种氨基酸通常与多种 tRNA 特异结合(与密码子的简并性相适应),但是一种 tRNA 只能转运一种特定的氨基酸
  • tRNA 上重要的功能部位
    • 氨基酸结合部位:tRNA 的氨基酸臂的-CCA 末端的腺苷酸 3’-OH,与氨基酸以酯键相连
    • mRNA 结合部位:tRNA 反密码环中的反密码子
  • 氨酰-tRNA 合成酶
    • 对底物 tRNA 和氨基酸均有高度特异性,决定氨基酸与 tRNA 的特异性结合
    • 校对活性:能将错误结合的氨基酸水解释放
  • 耗能:每个氨基酸活化成氨酰-tRNA 时消耗 2 ATP(1 ATP,2 高能磷酸键)

核糖体:蛋白质的合成场所

  • 合成肽链时mRNA与tRNA的相互识别、肽键形成、肽链延长等过程全部在核糖体上完成
  • 核糖体类似于一个移动的多肽链"装配厂”,沿着模板mRNA链从5’端向3’端移动
  • 携带着各种氨基酸的tRNA分子依据密码子与反密码子配对关系,快速进出其中为延长肽链提供氨基酸原料
  • 肽链合成完毕,核糖体立刻离开mRNA分子
  • 原核生物和真核生物的核糖体上均存在A位、P位和E位这3个重要的功能部位
    • A位(氨酰位):结合氨酰-tRNA
    • P位(肽酰位):结合肽酰-tRNA
    • E位(排出位):释放已经卸载了氨基酸的tRNA

蛋白质合成需要多种酶类和蛋白质因子

  • 蛋白质合成需要由 ATP 或 GTP 供能,需要 Mg2+、肽酰转移酶、氨酰-tRNA 合成酶等多种分子参与反应
  • 起始、延长及终止各阶段还需要多种因子参与
    • 起始因子(IF),原核生物和真核生物的起始因子分别以 IF 和 eIF 表示
    • 延长因子(EF),原核生物与真核生物的延长因子分别以 EF 和 eEF 表示
    • 终止因子,又称释放因子(RF),原核生物与真核生物的释放因子分别以 RF 和 eRF 表示
  • 真核生物肽链合成所需要的蛋白质因子(9 版生物化学 P290 表 15-3,不做要求)
原核生物肽链合成所需要的蛋白质因子

原核生物肽链合成所需要的蛋白质因子

肽链的合成过程

翻译起始复合物的形成

起始氨酰-tRNA

结合在起始密码子处的氨酰-tRNA,与结合可读框内部甲硫氨酸密码子的氨酰-tRNA 在结构上是有差别的。

  • 原核生物fMet-tRNAfMet,其中的甲硫氨酸被甲酰化,成为 N-甲酰甲硫氨酸(fMet)。
  • 真核生物tRNAiMet(initiator tRNA,起始 tRNA),它与甲硫氨酸结合后(Met-tRNAiMet,甲硫氨酰起始 tRNA)(延长过程中的为 Met-tRNAMet,可以在 mRNA 的起始密码子 AUG 处就位,参与形成翻译起始复合物。

原核生物翻译起始复合物的形成

  1. 核糖体大小亚基分离:
    • 完整核糖体在 IF 的帮助下,大、小亚基解离
    • IF3 的作用是稳定大、小亚基的分离状态避免大小亚基过早结合IF3
  2. mRNA 与核糖体小亚基结合
    • 小亚基与 mRNA 结合时,可准确识别可读框的起始密码子 AUG,而不会结合内部的 AUG,从而正确地翻译出所编码蛋白质
    • mRNA 起始密码子 AUG 上游,存在一段被称为核糖体结合位点(RBS)的序列,该序列距 AUG 上游约 10 个核苷酸处通常为 -AGGAGG-(S-D 序列),可被 16S rRNA 通过碱基互补而精确识别,从而将核糖体小亚基准确定位于 mRNAS-D 序列
  3. fMet-tRNAfMet 结合在核糖体 P 位A 位
    • fMet-tRNAfMet结合了 GTP 的 IF2 一起,识别并结合对应于小亚基 P 位的 AUG 处IF2
    • 此时,A 位IF1 占据,不与任何氨酰-tRNA 结合IF1
  4. 翻译起始复合物形成:
    • 结合于 IF2 的 GTP 被水解(IF2 有 GTPase 活性),释放的能量促使 3 种 IF 释放。
    • 大亚基与结合了 mRNA、fMet-tRNA fMet 的小亚基结合,形成由完整核糖体(大小亚基)、mRNA、fMet-tRNAfMet 组成的翻译起始复合物

真核生物翻译起始复合物的形成

不要求掌握,了解以下概括即可:

  1. 起始因子种类更多,过程更复杂
  2. 5’ 帽和 3’ 尾均为正确起始所必需
  3. 氨酰-tRNA 先于 mRNA 结合于小亚基,与原核生物装配顺序不同

肽链延长

  1. 进位注册):氨酰-tRNA 在 EF-Tu 等的帮助下,按照 mRNA 模板的指令进入核糖体 A 位:
    • 翻译起始复合物中的 A 位是空闲的,并对应着可读框的第二个密码子,进入 A 位的氨酰-tRNA 种类即由该密码子决定
    • 氨酰-tRNA 先与 GTP-EF-Tu 结合成一复合物,然后进入 A 位,GTP 随之水解,EF-Tu-GDP 从核糖体释放。GTP-EF-Tu 又可循环生成
    • 核糖体对氨酰-tRNA 的进位有校正作用:只有正确的氨酰-tRNA 能迅速发生反密码子-密码子互补配对而进入 A 位。错误的氨酰-tRNA 因反密码子-密码子不能配对结合而从 A 位解离。
  2. 成肽:指核糖体 A 位和 P 位上的 tRNA 所携带的氨基酸缩合成肽的过程
    • 肽酰转移酶:该酶的化学本质不是蛋白质,而是 RNA(核酶),在原核生物为 23S rRNA,在真核生物为 28S rRNA。
    • 在起始复合物中,P 位上起始 tRNA 所携带的甲酰甲硫氨酸,与 A 位上新进位的氨酰 tRNA 的α-氨基缩合形成二肽
    • 第一个肽键形成后,二肽酰-tRNA 占据核糖体 A 位,而卸载了氨基酸的 tRNA 仍在 P 位
  3. 转位:成肽反应后,核糖体需要向 mRNA 的 3’-端移动一个密码子的距离,方可阅读下一个密码子
    • 核糖体的转位需要延长因子 EF-G转位酶),并需要 GTP 水解供能
    • 转位作用:
      1. 卸载:P 位上的 tRNA 所携带的氨基酸或肽在成肽后交给 A 位上的氨基酸
      2. 释放:P 位上卸载的 tRNA 转位后进入 E 位,然后从核糖体脱落
      3. 移位:成肽后 A 位的肽酰-tRNA 移动到 P 位,A 位空出,且准确定位在 mRNA 的下一个密码子,以接受下一个氨酰-tRNA 进位
真核生物与原核生物肽链延长的区别
  • 所需延长因子不同
    • 真核:eEF1α、eEF1βγ、eEF2
    • 原核:EF-Tu、EF-Ts、EF-G
  • 在真核生物,一个新的氨酰-tRNA 进人 A 位后会产生别构效应,致使空载 tRNA 从 E 位排出
肽链延长和蛋白质合成过程中的能量消耗
  • 在蛋白质合成过程中,每生成 1 个肽键,至少需消耗 4 个高能磷酸键

  • 在肽链延长阶段,每生成一个肽键,都需要水解 2 分子 GTP(进位与转位各 1 分子)

  • 氨基酸活化为氨酰-tRNA 时需消耗 2 个高能磷酸键(ATP)

  • 其他:

    • 若出现不正确氨基酸进入肽链,也需要消耗能量来水解清除
    • 转录起始和中止也至少各需要 1 分子 GTP

终止密码子和释放因子导致肽链合成终止

终止密码子不被任何氨酰-tRNA 识别,只有释放因子 RF 能识别终止密码子而进人 A 位,这一识别过程需要水解 GTP。

  • RF 的结合可触发核糖体构象改变,将肽酰转移酶转变为酯酶,水解 P 位上肽酰-tRNA 中肽链与 tRNA 之间的酯键,新生肽链随之释放,mRNA、tRNA 及 RF 从核糖体脱离,核糖体大小亚基分离。
  • 原核生物有 3 种 RF:
    1. RF1:特异识别 UAA 或 UAG(1 是一竖)
    2. RF2:特异识别 UAA 或 UGA
      • RF1、RF2均可诱导肽酰转移酶转变为酯酶
    3. RF3:具有 GTPase 活性,当新生肽链从核糖体释放后,促进 RF1 或 RF2 与核糖体分离
  • 真核生物仅有一种释放因子 eRF,3 种终止密码子均可被其识别
蛋白质合成过程中具有 GTPase 活性的蛋白质因子
  • 转录起始(起始因子):IF2
    • 真核生物:eIF2、eIF5B
  • 肽链延长(延长因子):EF-Tu(进位/注册)、EF-G(转位)
  • 合成中止(释放因子):RF3

蛋白质合成后的加工

新生肽链折叠需要分子伴侣

蛋白质在合成时,尚未折叠的肽段有许多疏水基团暴露在外,具有分子内或分子间聚集的倾向,使蛋白质不能形成正确空间构象。

细胞中大多数天然蛋白质折叠并不是自发完成的,其折叠过程需要其他酶或蛋白质的辅助,这些辅助性蛋白质可以指导新生肽链按特定方式正确折叠,它们被称为分子伴侣

  1. 热激蛋白 70(Hsp 70)家族:
    • 高温刺激可诱导其合成
    • 在蛋白质翻译后加工过程中,Hsp70 与未折叠蛋白质的疏水区结合,既可避免蛋白质因高温而变性,又可防止新生肽链过早折叠
    • Hsp70 也可以使一些跨膜蛋白质在转位至膜前保持非折叠状态
    • 有些 Hsp70 通过与多肽链结合、释放的循环过程,使多肽链发生正确折叠。这个过程需要 ATP 水解供能,并需要其他伴侣蛋白如 Hsp40 的共同作用
    • 未折叠多肽链与 HsP70 结合,还可以解开多肽链之间的聚集或防止新聚集的产生
    • 人热激蛋白家族可存在于细胞质、内质网腔、线粒体、细胞核等部位,发挥细胞保护功能
      • 使线粒体和内质网蛋白质以未折叠状态转运和跨膜
      • 避免蛋白质变性后因疏水基团暴露而发生不可逆聚集
      • 清除变性或错误折叠的肽链中间物等
  2. 有些肽链的正确折叠还需要伴侣蛋白发挥辅助作用。
    • 伴侣蛋白的主要作用是为非自发性折叠肽链提供正确折叠的微环境
  3. 除了需要分子伴侣协助肽链折叠外,一些蛋白质形成正确空间构象还需要异构酶的参与
    • 蛋白质二硫键异构酶:帮助肽链内或肽链间二硫键的正确形成
    • 肽脯氨酰基顺-反异构酶:可使肽链在各脯氨酸残基弯折处形成正确折叠

肽链水解加工产生具有活性的蛋白质或多肽

  • 新生肽链的水解是肽链加工的重要形式
  • 新生肽链 N-端的甲硫氨酸残基,在肽链离开核糖体后,大部分即由特异的蛋白水解酶切除
    • 原核细胞:
      • 约半数成熟蛋白质的 N-端,经脱甲酰基酶,切除 N-甲酰基而保留甲硫氨酸
      • 另一部分被氨基肽酶水解,而去除 N-甲酰甲硫氨酸
    • 真核细胞
      • 分泌蛋白质和跨膜蛋白质的前体分子的 N-端都含有信号肽序列,在蛋白质成熟过程中需要被切除
      • 有些情况下,C-端的氨基酸残基也需要被酶切除,从而使蛋白质呈现特定功能
  • 许多蛋白质在初合成时,是分子量较大的没有活性的前体分子,这些前体分子也需经过水解作用切除部分肽段,才能成为有活性的蛋白质分子或功能肽
  • 有些多肽链经水解可以产生数种小分子活性肽

氨基酸残基的化学修饰改变蛋白质的活性

  • 化学修饰可改变蛋白质的溶解度、稳定性、亚细胞定位以及与细胞中其他蛋白质的相互作用等,从而使蛋白质的功能具有多样性
  • 常见的蛋白质化学修饰:磷酸化、N-糖基化、O-糖基化、羟基化、甲基化、乙酰化、硒化(教材错误,半胱氨酸硒化应为翻译前的修饰)
    • 磷酸化:丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸
    • 羟基化:脯氨酸、赖氨酸
  • 上述化学修饰均为酶促反应,蛋白激酶、糖基转移酶、羟化酶、甲基转移酶等都在这一过程中发挥重要作用

亚基聚合形成具有四级结构的活性蛋白质

  • 许多具有特定功能的蛋白质由 2 条以上肽链构成,各肽链之间通过非共价键或二硫键维持一定空间构象
  • 有些还需与辅基聚合才能形成具有活性的蛋白质

蛋白质合成的干扰和抑制

许多抗生素通过抑制蛋白质合成发挥作用

考前有空再背吧
  1. 抑制肽链合成起始的抗生素
    • 伊短菌素和密旋霉素可引起 mRNA 在核糖体上错位,从而阻碍翻译起始复合物的形成,对原核生物和真核生物的蛋白质合成均有抑制作用
    • 伊短菌素还可以影响起始氨酰-tRNA的就位和IF3的功能
    • 晚霉素结合于原核23S rRNA,阻止fMet-tRNA fMet的转位
  2. 抑制肽链延长的抗生素
    1. 干扰进位的抗生素
      • 四环素:特异性结合30S亚基的A位,从而抑制氨酰-tRNA的进位
      • 粉霉素:可降低EF-Tu的GTP酶活性,从而抑制EF-Tu与氨酰-tRNA结合
      • 黄霉素:可阻止EF-Tu从核糖体释出
    2. 引起读码错误的抗生素
      • 氨基糖苷类抗生素能与30S亚基结合,影响翻译的准确性
      • 链霉素:与30S亚基结合,在较低浓度时引起读码错误(在高浓度时是抑制蛋白质合成的起始)
      • 潮霉素B和新霉素:能与16S rRNA及rpS12结合,干扰30S亚基的解码部位,引起读码错误
      • 这些抗生素均能使延长中的肽链引入错误的氨基酸残基,从而改变细菌蛋白质合成的忠实性 3.影响成肽的抗生素
      • 氯霉素:结合核糖体50S亚基,通过阻止肽酰转移而抑制肽键形成
      • 林可霉素:作用于A位和P位,阻止tRNA在这两个位置就位,而抑制肽键形成
      • 红霉素(大环内酯类):能与核糖体50S亚基中肽链排出通道结合,阻止新生肽链从核糖体大亚基中排出,从而阻止肽键的进一步形成
      • 嘌呤霉素:结构与酪氨酰-tRNA相似,在翻译中可取代酪氨酰-tRNA而进入核糖体A位,中断肽链合成
      • 放线菌酮:特异性抑制真核生物核糖体肽酰转移酶的活性 4.影响转位的抗生素
      • 夫西地酸、硫链丝菌肽、微球菌素:抑制EF-G的转位酶活性,从而阻止核糖体转位
      • 大观霉素:结合核糖体30S亚基,阻碍小亚基变构,抑制转位反应
常见抗生素抑制肽链合成的原理即应用

常见抗生素抑制肽链合成的原理即应用

某些毒素抑制真核生物的蛋白质合成

  • 白喉毒素 白糖嗅(修)盐(延):真核细胞蛋白质合成的抑制剂,它作为一种修饰酶,可使 eEF2 发生 ADP-核糖基化修饰,生成 eEF2-腺苷二磷酸核糖衍生物,使 eEF2 失活,从而抑制蛋白质的合成
  • 蓖麻毒蛋白
    • A 链是一种蛋白酶,可作用于真核生物核糖体大亚基的 28S rRNA,特异催化其中一个腺苷酸发生脱嘌呤反应,导致 28S rRNA 降解而使核糖体大亚基失活
    • B 链对 A 链发挥毒性起重要的促进作用
    • B 链上的半乳糖结合位点,也是蓖麻毒蛋白发挥毒性作用的活性部位